A Controladoria Geral do Município do Salvador tem como missão institucional coordenar e formular as diretrizes de Controle Interno do Poder Executivo e exercer os controles contábeis, financeiros, orçamentários, operacionais, patrimoniais e da aplicação das subvenções e renúncias de receitas, bem como gerar informações para subsidiar as tomadas de decisões relacionadas aos programas de governo para a efetividade da gestão municipal.